Los alimentos pasan de la boca al estómago a través del esófago. El estómago revuelve los alimentos y los descompone aún más gracias al ácido hidroclórico y a una enzima llamada pepsina.

El proceso de descomponer los alimentos en el estómago tarda unas cuantas horas. De ahí, pasan al duodeno, la primera parte del intestino delgado. Dentro del duodeno, la bilis digestiva producida por el hígado y almacenada en la vesícula biliar, junto con enzimas provenientes del páncreas, los descompone aún más.

Las enzimas son sustancias químicas que aceleran la digestión de cierto tipo de alimentos. Por ejemplo, la enzima tripsina descompone las proteínas de la carne y la lipasa ayuda a descomponer la grasa. Los seres humanos no cuentan con las enzimas necesarias para descomponer cierto tipo de fibras vegetales, por lo que éstas no pueden ser completamente digeridas.

La enzima llamada lactasa descompone el azúcar de la leche. A veces, el organismo no produce lactasa del todo, o lo hace en cantidades insuficientes, lo que hace que la persona sea intolerante a la lactosa. Por consiguiente, cuando una persona que es intolerante a la lactosa come helado o yogurt, su sistema digestivo se infla y expele gases.

Cuando todo el alimento ha sido descompuesto, el intestino delgado absorbe los nutrientes que el cuerpo necesita. De ahí, los nutrientes pasan al torrente sanguíneo y al hígado, en donde se eliminan los residuos tóxicos. Los alimentos no digeridos y el agua pasan por el intestino delgado hasta llegar al intestino grueso, en donde se reabsorbe el agua. Luego, al final del proceso, las heces son eliminadas a través del recto y el ano.